GB/T 35533-2017 染色体异常检测基因芯片通用技术要求

　　ICS 1 1 . 040 . 55 C 30

　　中 华 人 民 共 和 国 国 家 标 准

　　GB/T 35533—2017

　　染色体异常检测基因芯片

　　通用技术要求

　　Generaltechnicalrequirementforchromosomal

　　abnormalitydetectionmicroarray

　　2017-12-29 发布 2018-07-01 实施

　　中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局中 国 国 家 标 准 化 管 理 委 员 会

　　发

　　布

　　GB/T 35533—20 17

　　前 言

　　本标准按照 GB/T 1 . 1—2009 给出的规则起草。

　　本标准由全国生物芯片标准化技术委员会(SAC/TC 421)提出并归口 。

　　本标准起草单位：博奥生物集团有限公司、清华大学、北京大学第三医院、中国计量科学研究院、北京博奥晶典生物科技有限公司、北京博奥医学检验所有限公司、深圳市第三人民医院。

　　本标准主要起草人：孙义民、郭弘妍、王辉、王亚辉、邓涛、许俊泉、张川、单万水、王晶、乔杰、邢婉丽、程京。

　　GB/T 35533—20 17

　　染色体异常检测基因芯片

　　通用技术要求

　　1 范围

　　本标准规定了染色体异常检测基因芯片的术语和定义、检测样品、产品声明、芯片要求、结果报告、检测服务认可等要求。

　　本标准适用于人体染色体异常检测基因芯片产品及服务。

　　2 规范性引用文件

　　下列文件对于本文件的应用是必不可少的。 凡是注 日期的引用文件，仅注 日期的版本适用于本文件 。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。

　　GB/T 27990 生物芯片基本术语

　　GB/T 28639 DNA微阵列芯片通用技术条件

　　3 术语、定义和缩略语

　　3 . 1 术语和定义

　　GB/T 27990 界定的以及下列术语和定义适用于本文件。

　　3 . 1 . 1

　　拷贝数变异 copynumbervariation;CNV

　　基因组发生的亚显微水平的重复和缺失，一般为长度 1 kb 以上的核苷酸片段增加或者减少，可以根据其生物学意义划分为致病性、良性及意义未知。

　　3 . 1 . 2

　　芯片比较基因组杂交 array-basedcomparativegenomichybridization;aCGH

　　将探针固定在基片上，待检基因组 DNA 与对照基因组 DNA 进行不同荧光素标记后，在芯片上进行共杂交，可以显示出待测基因组 DNA相对于对照基因组 DNA 的拷贝数变异(CNV) 。

　　3 . 1 . 3

　　杂合性缺失 lossofheterozygosity;LOH

　　一对同源染色体上相同基因座的两个等位基因中的一个出现部分或全部核苷酸序列缺失。

　　3 . 2 缩略语

　　下列缩略语适用于本文件。

　　FISH：荧光原位杂交 (fluorescence in situ hybridization)

　　4 检测样品

　　4 . 1 样品的类型

　　应明确可检测的样品类型，如外周血、滤纸干血片、组织、脐带血、绒毛膜组织、羊水、胎儿流产组织、

　　GB/T 35533—20 17

　　口腔黏膜、培养细胞等。

　　4 . 2 样品的采集

　　应针对不同类型待检样品建立相应的样本采集标准流程，在指定正规场所采集。

　　4 . 3 采样用具

　　应针对不同类型待检样品的特点，采用专用的采样套盒。 包括采样的器械、文档材料、必要的控温保质物品等。 采样套盒上应标识明确、清晰。 包装的样品应在运输过程中无损坏、无渗漏。

　　4 . 4 样品的储运

　　在满足运输法规要求的前提下，应根据不同类型待检样品的特点，采用合适的储藏和运输方式、设备，建立温度、质量保证措施，保障样品的稳定性。

　　4 . 5 样品的登记

　　待检样品应登记备案，便于样品的管理和信息追溯。 建立电子化样品管理体系，应包含待检样品来源及唯一编码。 检测前应仔细核对和检查样品登记信息。

　　4 . 6 样品的预处理及质量要求

　　应针对不同类型待检样品的特点，建立样品预处理流程和预处理后所获得的基因组 DNA 的浓度、总量、纯度、片段完整性的质量要求。 预处理后不符合质量要求的样品应重新进行预处理或重新采样。

　　4 . 7 样品的留存

　　检测单位应具备样品保存的基本条件，妥善保存递交检测的部分留存原始样本，保存期限不少于两年，便于追溯。

　　5 产品声明

　　应明确预期用途、适用人群范围、技术局限性、相关认证机构认证或许可、科研应用或临床应用等。

　　6 芯片要求

　　6 . 1 芯片外观

　　按照 GB/T 28639 的规定执行。

　　6 . 2 芯片点形状

　　按照 GB/T 28639 的规定执行。

　　6 . 3 芯片探针

　　探针应合理分布，在基因组骨架区域和目的区域内按照检测目标分布探针，探针质量和数量设置应满足芯片检测所需的分辨率要求。

　　6 . 4 质控设置

　　6 . 4 . 1 芯片杂交前应设置核酸标记过程质控，质控合格后用于芯片杂交。

　　GB/T 35533—20 17

　　6 . 4 . 2 对于基于 aCGH 原理的人正常基因组 DNA参考品，应来源可靠，明确无染色体异常，可溯源。

　　6 . 4 . 3 芯片每个点阵中应设置质控探针，表面化学质控探针(QC)、杂交质控探针(HC) 和空白质控探针(BC) 。

　　6 . 4 . 4 芯片扫描后，信号点强度、背景信号强度、信噪比、有效信号值分布、信号均一性等应设定相应的质量控制要求。

　　6 . 5 性能指标

　　6 . 5 . 1 芯片类型

　　应明确芯片类型及检测原理，如比较基因组杂交芯片(aCGH)、单核苷酸多态性芯片(SNP)等 。

　　6 . 5 . 2 检测指标

　　6 . 5 . 2 . 1 应明确芯片可检测的基因组范围。

　　6 . 5 . 2 . 2 应明确芯片可检测的染色体异常的类型，如染色体非整倍体、染色体拷贝数变异(CNV)、杂合性缺失(LOH)等。

　　6 . 5 . 2 . 3 应明确芯片检测嵌合体的能力。

　　6 . 5 . 3 芯片分辨率

　　应明确探针覆盖范围内芯片可检测基因组片段异常的最小长度。

　　6 . 5 . 4 芯片重复性

　　应明确在申明的检测指标范围内芯片分析的重复性。 对于非整倍体检测用途芯片，重复性不低于95% 。对于 CNV检测用途芯片，重复性不低于 90% 。

　　6 . 5 . 5 分析准确度

　　应明确在申明的检测指标范围内芯片的分析准确度。 对于非整倍体检测用途芯片，分析准确度不低于 95%。 对于 CNV检测用途芯片，分析准确度不低于 90%。

　　6 . 5 . 6 抗干扰能力

　　应明确在申明的检测指标范围内芯片的抗干扰能力。

　　6 . 5 . 7 稳定性

　　应明确芯片及配套试剂的稳定性。 有效期稳定性不小于 3 个月，冻融稳定性不小于 3 次 。

　　6 . 6 性能验证

　　对声明的性能指标，易采用不少于 50 例的阳性样品和阴性样品或标准品，选取合适的参比方法如核型分析、荧光定量 PCR、FISH、Sanger测序或高通量测序等方法进行验证。 参比方法与芯片方法对待验证片段基因组定位重叠率不小于 50%。

　　6 . 7 标志和标签

　　按照 GB/T 28639 的规定执行。

　　6 . 8 运输和储存

　　按照 GB/T 28639 的规定执行。

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　　7 结果报告

　　7 . 1 报告内容

　　7 . 1 . 1 应包括受检者姓名、年龄、性别(胎儿样本除外)、临床表征、样品类型、样品编号、样品接收时间、送检单位及医师姓名等一般信息。

　　7 . 1 . 2 应包括检测方法的基本描述。

　　7 . 1 . 3 应包括染色体变异所在的基因组定位、片段大小、变异类型、临床意义等信息。 注明分析所采用的基因组序列版本号。

　　7 . 1 . 4 可以选择不对良性拷贝数变异进行报告。

　　7 . 1 . 5 除非有明确胎儿性别的医疗指证，不能报告胎儿性别。

　　7 . 1 . 6 检测报告应有检测人员、审核人员和负责人员的签名或签章。

　　7 . 2 芯片结果临床意义判断

　　7 . 2 . 1 至少应区分为良性、致病性、临床意义未知 3 类 。

　　7 . 2 . 2 应有同行评议出版论文或者专业数据库的证据支持，来源清晰可查，数据库需持续更新。

　　7 . 2 . 3 应明确检测结果不作为确定性诊断用途，必要时受检者应与医生进行沟通和咨询。

　　8 文件保存

　　应妥善保存受检者知情同意书、实验记录、芯片原始数据、分析报告，配备数据保存及保证数据安全的软、硬件设施，保存期限不少于 5 年 。